快速公交1号线（第一码头至华侨大学）运营时间为6:10～22:00；快速公交2号线（机场到西柯）运营时间为6:10～21:30；快速公交3号线（即联络线：第一码头—前埔）运营时间为 6:10～22:30。

一般情况下，1号线、3号线在高峰时段每3分钟一班，平峰时段5分钟～8分钟一班；2号线在高峰时段每4分钟一班，平峰时段6分钟～8分钟一班。

20条链接线的运营时间会比BRT车早上提前20分钟，晚上推后20分钟～30分钟，方便乘坐首班车和末班车的乘客。